A Justiça Federal nasceu com a República, que institui o Regime Federativo, sendo criada pelo decreto número 848, de 11 de outubro de 1890. Em 1937, com a Constituição do Estado Novo, foram suprimidas diversas instituições, dentre elas a Justiça Federal. Foi recriada em 30 de maio de 1966 pela Lei 5010. Com a promulgação da Constituição Federal de 1988, ocorreram diversas mudanças, desde a crescente interiorização das varas federais até as modificações na segunda instância do Poder Judiciário Federal, com a extinção do Tribunal Federal de Recursos e a criação dos Tribunais Regionais Federais.

Com competência jurisdicional fixada constitucionalmente, a Justiça Federal julga as causas em que a União, entidade autárquica ou empresa pública federal figurem como interessadas, autoras ou rés, crimes políticos e infrações penais praticadas em detrimento de bens, serviços ou interesse da União, crimes contra o sistema financeiro, a ordem econômico-financeira, lavagem de dinheiro, tráfico internacional de entorpecentes, moeda falsa e contrabando e descaminho, praticados individualmente ou por organizações criminosas, demandas previdenciárias relacionadas com o INSS, dentre outras matérias, cumprindo e fazendo cumprir a Constituição e as Leis da República Federativa do Brasil. Os Juizados Especiais Federais, criados pela Lei 10.259/01 julgam as causas cíveis de até 60 Salários Mínimos e as infrações penais de menor potencial ofensivo, cuja pena máxima não ultrapassa dois anos.

Atualmente a Justiça Federal é composta por 744 Varas Federais e cinco Tribunais Regionais Federais, contado com cerca de 1486 Juízes Federais e 139 Desembargadores Federais.